CheckCIF-B级警报处理示例(PLAT342,926,927和987)

DJ_Tokyo

本案例数据的PLATON[1]结构验证结果如图1所示。

▲图1 PLATON>>Validtaion结果

CheckCIF网站验证结果如图2所示。

▲图2 CheckCIF结构验证结果

有四个B级警报（Alert level B）:

PLAT342_ALERT_3_B（详见推文“CheckCIF-PLAT342”）

PLAT926_ALERT_1_B（详见推文“CheckCIF-PLAT926”）

PLAT927_ALERT_1_B（详见推文“CheckCIF-PLAT927”）

PLAT987_ALERT_1_B（详见推文“CheckCIF-PLAT987”）

数据质量和精修质量的Olex2[2]呈现如图3所示。

▲图3 晶体质量和精修质量

根据PLAT987，可在ins文件中添加两条指令“TWIN”“BASF 0.5”（其中0.5为初始值，初始值可以为0和1之间的任意数值），如图4所示。

▲图4 Olex2中向ins文件命令区添加指令

精修至收敛后的数据情况和孪晶法则（TWIN LAW）和批比例因子（BASF）如图5所示。

▲图5 添加TWIN和BASF指令精修后的结果

精修后BASF由初始值0.5被精修为0.386，并且程序自动在TWIN后添加了孪晶法则“TWIN -1 0 0 0 -1 00 0 -1 2”，如图6所示。

▲图6 ins文件中精修后的TWIN和BASF指令

此时PLATON结构验证结果如图7所示。

▲图7 添加TWIN和BASF指令精修后的PLATON结构验证结果

CheckCIF网站结构验证结果如图8所示。

▲图8 添加TWIN和BASF指令精修后的CheckCIF结构验证结果

注：本案例数据用APEX4[3]检查，在倒易空间点阵中未发现明显孪晶，且用CELL NOW进行孪晶拆分无法得到有效数据。

参考文献：

[1](a) Spek, A. L. Single-crystal structure validation with the program PLATON. J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek,A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure reportvalid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIFvalidation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11.

[2]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structuresolution, refinement and analysis program.J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[3] Bruker(2021). APEX4 (Version 2021.4-1). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.

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