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晶体数据还原示例40(PLAT088) 最近处理的一个数据，如图1所示（由Olex2[1]呈现）。 ▲图1 数据结果 该数据各项指标参数尚可，但分辨率被截断在0.80 Å，导致最终结构片段无序处理后数据参数比（Data/Parameter Ratio）过低（7.96）从而触发了B级警报PLAT088（参阅推文“CheckCIF-PLAT088”），如图2所示（由PLATON[2]呈现）。 ▲图2 B级警报PLAT088 ▲图3 数据参数比计算 如图4所示为信噪比和分辨率关系图（I/σ(I)vs. Resolution），从绿色点的下降趋势来看，其分辨率显然高于当前的0.80 Å（2θ= 52.7°）。 ▲图4 I/σ(I) vs. Resolution图 于是和数据主人沟通这个情况，建议按照更高的分辨率进行还原，不过对方说什么达不到那么高的分辨率，然而从上图可知分辨率不止0.80 Å，对方这个数据测试机构给测的，显然测试机构没有把原始衍射图像文件发给数据主人，而仅仅是给了测试机构数据还原后的文件，如图5所示。 ▲图5 沟通情况 后来过了一段时间，对方发来了原始衍射图像文件，6轮数据，1695个sfrm文件，1.25 GB——因为数据庞大，所以测试机构大多默认不发原始衍射图像文件给客户，而是把数据还原后的文件发给客户有时还缺少文件，比如发了“ins”和“hkl”文件，但缺少记录吸收校正信息的“abs”文件和记录仪器信息的“_ls”文件等。 拿到原始衍射图像文件，用APEX4[4]处理数据，到了数据还原时，程序默认的分辨率截断值为0.635 Å，如图6所示，很显然，测试机构做数据还原时人为将分辨率降低为0.80 Å了。 ▲图6 数据还原时默认的分辨率截断值 数据还原后，在XPREP[5]中查看数据统计信息，如图7所示，从平均信噪比（Mean I/s）来看，分辨率可以达到APEX4默认的0.635 Å（0.64- 0.63分辨率壳层的平均信噪比为2.31），而从数据完整度（%Complete）来看，从0.68 - 0.66分辨率壳层开始完整度台阶式下降，因此分辨率完全可以达到至少0.68 Å。 ▲图7 重新还原后的数据统计信息 由此可知，不论从哪个角度来看，分辨率都不是测试机构截断的0.80 Å，也不是数据主人所谓的达不到笔者说的那么高分辨率。 重新还原后，数据参数比为981/76≈ 12.09（参数数量增大至76是因为做了更多无序），如图8所示，此时没有AB级警报，而且R因子也降低了不少。 ▲图8 重新还原后的数据 其信噪比和分辨率之间的关系如图9所示。 ▲图9 重新还原数据的信噪比和分辨率关系图 重新还原前后精修指标对比如下： 晶体不论是送到机构测试还是在自己单位测试，最好把原始衍射图像文件拷贝回来自己保存，至少要保存到数据发表，有关保存原始衍射图像文件的重要性可参阅如下相关推文： 有关分辨率的推文如下： 视频讲解请参阅： 晶体数据还原示例40(PLAT088)：https://www.bilibili.com/video/BV1mBDRYAEgE 参考文献 [1] Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R.J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2:A Complete Structure Solution, Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst.2009, 42, 339–341. DOI:10.1107/S0021889808042726. [2] (a) Spek, A. L. Single-Crystal Structure Validation with theProgram PLATON. J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112. (b) Spek, A. L. StructureValidation in Chemical Crystallography. ActaCryst. 2009, D65, 148–155. DOI: 10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes aCrystal Structure Report Valid? Inorg.Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:10.1016/j.ica.2017.04.036. (d) Spek, A. L. checkCIFValidation ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244. [3] (a) Hall, S. R.; Allen, F. H. Brown, I. D.The Crystallographic Information File (CIF): A New Standard Archive File forCrystallography. Acta Cryst. 1991, A47, 655–685. DOI:10.1107/S010876739101067X. (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Formatfor Electronic Data Transfer and Archiving. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 326–333. DOI:10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:10.1021/ci00019a005. [4] Bruker (2021). APEX4 (Version 2021.4-1).Program for Data Collection on Area Detectors. Bruker AXS Inc., Madison,Wisconsin, USA. [5] Bruker (2014). XPREP (Version 2014/2), Programfor Space Group Determination. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA. 声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中可能存在疏漏错误，请不吝指正。 如需PDF文档，请从以下链接下载： 通过网盘分享的文件：晶体数据还原示例40(PLAT088).pdf
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发表于 2025-5-6 06:43:39
