晶体测试案例42(针状晶体)

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晶体测试案例42(针状晶体)

案例来源：CCDC[1] 2444676. DOI[2]: 10.5517/ccdc.csd.cc2n1wj4.

案例结构为三乙胺盐酸盐（CAS:554-68-7），如图1所示（由ChemBioDraw[3]绘制）。

▲图1 案例结构

晶体培养方法为单一溶剂挥发法，溶剂为二氯甲烷（CAS: 75-09-2），容器为试管，敞口挥发（参阅视频“培养单晶之过滤-挥发法：https://www.bilibili.com/video/BV1mkdWYZEYJ”）。

取样品约50毫克，加入2毫升二氯甲烷，超声溶解，未溶解完全，用注射器+过滤头过滤至试管中，敞口挥发，在有溶剂的情况下未观察到结晶，溶剂挥发干后，发现有针状晶体，如图2所示。

▲图2 试管底部的针状晶体

用刮勺将其捞出，至于载玻片上用二甲基硅油（CAS:9006-65-9）覆盖，在显微镜下观察，如图3所示。

▲图3 显微镜下的晶体

从中挑选相对较粗的无裂痕晶体，对其进行清洗——用粉刺针或者针灸针在硅油中将晶体表面的附着物刮下来，随后用硅脂将其粘在玻璃丝顶端侧边，使大约一半的晶体处于玻璃丝顶端之外，如图4所示。

▲图4 安装在玻璃丝顶端侧边的针状晶体

为减少玻璃丝在衍射中的影响，晶体对心时尽量时玻璃丝远离中心，同时测量一下晶体尺寸（参阅推文“布鲁克D8 VENTURE测量晶体尺寸操作步骤”或视频“APEX3 D8 Venture对心时晶体尺寸的测量：https://www.bilibili.com/video/BV1Cq4y1d7S5”和“晶体尺寸的测量：https://www.bilibili.com/video/BV1hM4y1J71o”），大约为0.0792 × 0.0820 × 0.6834 mm3（晶体长度明显长于0.6780 mm，因为剩余部分在屏幕外，未测到），如图5‒7所示（由APEX3[4]呈现），最大尺寸大于其他两个任意尺寸的2倍以上，是典型的针状（needle）晶体，参阅视频“晶体尺寸和晶癖描述需保持一致：https://www.bilibili.com/video/BV1yb421B72r”。

▲图5 晶体尺寸测量

▲图6 晶体尺寸测量

▲图7 晶体尺寸测量

该晶体用钼靶作为辐射光源，曝光时间为7秒，共耗费30分钟测得3轮数据257帧衍射照片，共194 MB，其衍射图如图8所示（由APEX4[5]呈现）。

▲图8 衍射图

最终处理结果如图9所示（由Olex2[6]呈现），无AB级警报（验证报告由PLATON[7]呈现）。

▲图9 最终结果

相关视频：

单晶结构解析练习558(数据还原-无序处理)：https://www.bilibili.com/video/BV16K5pzmEbc

数据下载：

链接: https://pan.baidu.com/s/1dNRa56IIDWy8_vuepsFhuA

提取码: 68yt

参考文献

[1]    (a)Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: A Quarter of a Million CrystalStructures and Rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI:10.1107/S0108768102003890. (b) Groom, C. R.; Bruno, I. J.; Lightfoot, M.P.; Ward, S. C. The Cambridge Structural Database. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:10.1107/S2052520616003954. (c) Mitchell, J.; Robertson, J. H.; Raithby,P. R. Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC). Comprehensive Coordination Chemistry III 2021, 413–437. DOI: 10.1016/B978-0-12-409547-2.14829-2.

[2]    (a)International Organization for Standardization (2012). ISO 26324:2012. Information and Documentation – DigitalObject Identifier System.http://www.iso.org/iso/catalogue_detail.htm?csnumber=43506. (b) McDonald J. D.;Levine-Clark, M. Encyclopedia of Libraryand Information Sciences. Fourth Edition, CRC Press, 2017. DOI: 10.1081/e-elis4. (c) Liu, J. Digital ObjectIdentifier (DOI) and DOI Services: An Overview. Libri 2021, 71, 349‒360. DOI:10.1515/libri-2020-0018. (d) International Organization forStandardization (2022). ISO 26324:2022. Informationand Documentation – Digital Object Identifier System.https://www.iso.org/standard/81599.html

[3]    (a)Klein, F. M. CS ChemDraw Pro,1 Version 3.1 for Windows. J. Chem. Inf. Comput.Sci. 1995, 35, 166–167. DOI: 10.1021/ci00023a026. (b)Cousins, K. R. ChemDraw 6.0 Ultra CambridgeSoft Corporation, 100 Cambridge ParkDrive, Cambridge, MA 02140. http://www.camsoft.com. Commercial Price:  $1395.Academic Price:  $699. J. Am. Chem. Soc. 2000,122, 10257–10258. DOI: 10.1021/ja0047572. (c) Buntrock, R. E.ChemOffice Ultra 7.0. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2002, 42, 1505–1506. DOI: 10.1021/ci025575p. (d) Li, Z.; Wan, H.; Shi, Y.;Ouyang, P. Personal Experience with Four Kinds of Chemical Structure DrawingSoftware: Review on ChemDraw, ChemWindow, ISIS/Draw, and ChemSketch. J. Chem.Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 1886–1890. DOI: 10.1021/ci049794h.(e) Mendelsohn, L. D. ChemDraw8 Ultra, Windows and Macintosh Versions. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 2225–2226. DOI: 10.1021/ci040123t. (f) Cousins, K. R. ChemDrawUltra 9.0. CambridgeSoft, 100 CambridgePark Drive, Cambridge, MA 02140. www.cambridgesoft.com. See Web site for pricing options. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4115–4116. DOI:10.1021/ja0410237. (g) Zielesny, A. Chemistry Software PackageChemOffice Ultra 2005. J. Chem. Inf.Model. 2005, 45, 1474–1477. DOI:10.1021/ci050273j. (h) Mills, N. ChemDraw Ultra 10.0 CambridgeSoft, 100CambridgePark Drive, Cambridge, MA 02140. www.cambridgesoft.com. CommercialPrice:  $1910 for download, $2150 for CD-ROM; Academic Price:  $710 fordownload, $800 for CD-ROM. J. Am. Chem.Soc. 2006, 128, 13649–13650. DOI: 10.1021/ja0697875. (i) Kerwin, S. M.ChemBioOffice Ultra 2010 Suite. J. Am. Chem.Soc. 2010, 132, 2466–2467. DOI: 10.1021/ja1005306. (j) Milne, G. W. A. SoftwareReview of ChemBioDraw 12.0. J. Chem. Inf.Model. 2010, 50, 2053. DOI:10.1021/ci100385n. (k) Narayanaswamy, V. K.; Rissdörfer, M.; Odhav, B.Review on CambridgeSoft ChemBioDraw Ultra 13.0v. Int. J. Theor. Appl. Sci. 2013,5, 43–49.

[4]    Bruker(2018). APEX3 (Version 2018.7-2). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.

[5]    Bruker(2021). APEX4 (Version 2021.4-1). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.

[6]    Dolomanov,O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

[7]    (a) Spek, A. L. Single-CrystalStructure Validation with the Program PLATON.J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112.(b) Spek, A. L. StructureValidation in Chemical Crystallography. ActaCryst. 2009, D65, 148–155. DOI: 10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes a Crystal Structure Report Valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:10.1016/j.ica.2017.04.036. (d) Spek, A. L. checkCIFValidation ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244.

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