Olex2能打开hkl文件吗

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Olex2能打开hkl文件吗

很多小伙伴用Olex2[1]作为结构解析和精修的图形用户界面（GUI, Graphical User Interface），并且很多小伙伴认为Olex2能打开衍射数据文件（hkl文件），这个可能不准确，实际上Olex2能打开的hkl文件是有前提条件的，本文以论文“Sci.China Chem. 2023, 66, 117–126. DOI[2]: 10.1007/s11426-022-1396-x.”晶体结构“CCDC[3] 2152655, 2383197”为例尝试回答这个问题。

案例结构如图1所示（由ChemBioDraw[4]绘制）。

▲图1 案例结构

数据文件如图2所示。“mo_20191118c_0m.hkl”是吸收校正（由集成于APEX4[5]软件中的SADABS[6]程序完成）产生衍射数据文件，其底部以“_exptl_absorpt_process_details”形式包含吸收校正信息和晶胞参数信息（包括辐射光源波长），如图3所示；“20191118c.hkl”和“20191118c.ins”是XPREP[7]确定空间群后生成的衍射数据文件和指令文件，该hkl文件中只有衍射点，没有其他信息，其底部内容如图4所示，该ins文件中仅包含必要的用于结构解析的指令内容，如图5所示，其实就是XPREP最后生成ins文件时显示的内容，如图6红框所示。

▲图2 数据文件

▲图3 “mo_20191118c_0m.hkl”文件底部内容

▲图4 “20191118c.hkl”文件底部内容

▲图5 “20191118c.ins”文件内容

▲图6 XPREP输出ins文件内容

以上是文件及其内容介绍，接下来是Olex2能否打开hkl文件的问题解答。

首先，Olex2打开文件有两种方式，一种是用鼠标将文件直接拖入Olex2主界面，另一种则是通过Olex2的“Open File”方式来打开文件，参阅推文“Olex2中指令与快捷键1”。

对于以“_exptl_absorpt_process_details”形式包含吸收校正信息和晶胞参数信息的“mo_20191118c_0m.hkl”和仅包含衍射点信息的“20191118c.hkl”，用拖拽的方式将其拖入Olex2，则毫无反应（其操作见视频“Olex2能打开hkl文件吗：https://www.bilibili.com/video/BV1upqRYTECV”）。

通过“Open File”方式打开上述hkl文件，如图7所示，在“Open File”中选择“20191118c.hkl”后，点击“Open”，则实际上Olex2打开的是“20191118c.ins”文件，如图8所示。

▲图7 在“Open File”中选择“20191118c.hkl”并点击“Open”

▲图8 Olex2实际打开的是“20191118c.ins”文件

按照同样的方式去打开“mo_20191118c_0m.hkl”，如图9所示，则Olex2会通过读取“mo_20191118c_0m.p4p”文件内容来创建“mo_20191118c_0m.ins”文件，并且实际上打开的是这个即时创建的“mo_20191118c_0m.ins”文件，如图10所示（这和用Olex2打开p4p文件是相同的，参阅推文“Olex2能打开p4p文件吗”）。

▲图9 在“Open File”中选择“mo_20191118c_0m.hkl”并点击“Open”

▲图10 Olex2实际打开的是“mo_20191118c_0m.ins”文件

上述过程是在文件夹中存在对应的ins文件或p4p文件情况下的操作结果，为排除这些因素，新建文件夹，并在文件夹中只放hkl一个文件，如图11‒12所示。

▲图11 文件夹中只有“20191118c.hkl”文件

▲图12 文件夹中只有“mo_20191118c_0m.hkl”文件

拖拽打开的方式同样毫无反应，而通过“Open File”方式打开，则在Olex2主界面出现如图13所示提示（两个文件均如此）。

▲图13 Olex2提示内容

该提示大意如下：

could not initialise  CELL/SFAC from the hkl file	无法从hkl文件初始化CELL/SFAC
There is something wrong with the input file you were trying  to load. Please fix this error manually. Have a look in the lines above - the  error and the line number where it occurs are printed there. You are still in  the same structure that you were in before you attempted to load this file.	您尝试加载的输入文件有问题。请手动修复此错误。看看上面的行——错误和发生错误的行号都打印在那里。您仍然处于尝试加载此文件之前的结构中。

对于“20191118c.hkl”来说，文件中根本就没有任何晶胞参数信息，当然“无法从hkl文件初始化CELL/SFAC”！

对于“mo_20191118c_0m.hkl”来说，文件中虽然包含晶胞参数信息，但格式上不对，因此“无法从hkl文件初始化CELL/SFAC”。

有一种情况，如图14所示，ins文件内容处于hkl文件末尾（即衍射点终止行“0 0 0 0.00 0.00”），这种hkl文件可视为hkl和ins文件二合一的文件。

▲图14 末尾包含ins文件内容的hkl文件

对于这种包含ins文件内容的hkl文件，用Olex2“Open File”方式打开时（拖拽方式没有反应），Olex2会自动将hkl文件末尾的ins文件内容提取出来并创建“20191118c.ins”文件，同时立即调用SHELXS[8]结构解析程序以直接法（Direct Methods[9]）解析结构，解析结果如图15所示，产生的ins、lst和res文件以及olex2文件夹如图16所示，查看右上角文件路径，实际上此时Olex2打开的是“20191118c.res”文件。

▲图15 Olex2打开含ins文件内容的hkl文件后由SHELXS程序以直接法解析结构结果

▲图16 Olex2打开含ins文件内容的hkl文件后由SHELXS程序以直接法解析结构结果文件

此时ins文件内容如图17所示，TITL中的sucrose[10]是Olex2打开包含ins文件内容的hkl文件之前打开的数据。

▲图17 Olex2打开含ins文件内容的hkl文件后创建的“20191118c.ins”文件

综上所述，严格来说，Olex2实际上不能打开hkl文件（也从未真正意义上的打开hkl文件），只不过当hkl文件中包含ins文件内容时，Olex2可以从中读取相关内容并调用SHELXS结构解析程序进行结构解析，然后打开解析结果文件（res文件）。

Olex2能打开的文件，主要有“.cif”[11]“.res”“.ins”“.oxm”“.xyz”“.mol”[12]“.pdb”[13]等，参阅推文“Olex2文件类型颜色方案”。

视频讲解和演示请参阅：

Olex2能打开hkl文件吗：https://www.bilibili.com/video/BV1upqRYTECV

如需数据进行练习，请从以下链接下载：

（1）

链接：https://pan.quark.cn/s/38fb15f45f21

提取码：9sEL

（2）

1号数据

链接：https://pan.baidu.com/s/121Qcam5czV67fYS72ZIgtg

提取码：pfo2

2号数据

链接:https://pan.baidu.com/s/14OHhMpzjKvhdbU4F3Y_aIg

提取码: g4yt

参考文献

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