晶体数据审稿意见-标签+AB级警报+嵌入HKL

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晶体数据审稿意见-原子标签+AB级警报+嵌入HKL

文本所用软件/程序

GUI: Olex2[1]    Structure refinement: SHELXL[2]

案例来源：CCDC[3] 2357371. J.Am. Chem. Soc. 2024, DOI[4]: 10.1021/jacs.4c07798.

审稿意见	大意
Alerts  A and B should be addressed, or a reasonable response should be provided.  Additionally, the unusual labels (05O) for atoms in the CIF should be  relabeled (e.g., as O1 to O40). The refinement should be redone, and the CIF  remade with hkl data embedded.	应解决AB级警报，或提供合理响应。此外，CIF中原子的异常标签（05O）应重新标记（例如，O1至O40）。应重新进行精修，并用重新生成嵌入hkl数据的CIF文件。

上述审稿意见主要是解决AB级警报（如无法解决则给出合理解释），修正异常标签/编号，还有就是将衍射数据hkl文件嵌入CIF[5]文件，因为原数据是用1997版SHELXL精修的，所以CIF中并未嵌入hkl文件（2014及以上版本才添加这个功能），如图1所示。

▲图1 版本确认讨论

该数据主要有如图2所示B级警报PLAT417（参阅推文“CheckCIF-PLAT417”）和PLAT420（参阅推文“CheckCIF-PLAT420”）。

▲图2 B级警报

拿到数据后用Olex2打开，按Ctrl+M显示差值电子密度图并结合原子椭球发现其中一些对氟苯乙胺阳离子需要做无序处理，如图3所示。

▲图3 结构中需要做无序处理的对氟苯乙胺阳离子

这些对氟苯乙胺阳离子片段做无序处理后，差值电子密度图干净多了，如图4所示。

▲图4 无序处理结果

然后把结构中游离水分子的氢键问题解决，就大功告成了。

视频演示操作请参阅：

晶体数据审稿意见-原子标签+AB级警报+嵌入HKL：https://www.bilibili.com/video/BV13mtaeuErY

参考文献

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