CheckCIF-B级警报PLAT939处理案例

DJ_Tokyo

相关软件或概念：Olex2[1] (Version: Olex2-1.5); PLATON[2] (Version: 261023); SHELXL[3] (Version: SHELXL-2019/3)

最近处理一个数据，数据质量不太好，如图1所示，遇到B级警报PLAT939（参阅推文“CheckCIF-PLAT937-939”），如图2所示。

▲图1 数据指标概览

▲图2 B级警报PLAT939

该警报表明可能存在离群点，在Olex2中可以从Info>>Badreflections列表中查看，如图3所示，没有|Error/esd|超过10的离群点。

▲图3 离群点列表

既然没有大于10的离群点，观察列表，首先把大于7的离群点从精修删去，即在Bad reflections将阈值改为7，并点击左侧的OMIT按钮，列表中离群点右侧的“omit”会变成“omitted”，并且Olex2会自动在ins文件中添加相应的OMIT指令，如图4所示。

▲图4 忽略离群点

精修后即可消除警报PLAT939，如图5所示。

▲图5 忽略离群点后的验证报告

参考文献

[1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[2] (a) Spek, A. L. Single-crystal structure validationwith the program PLATON. J. Appl.Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek,A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure reportvalid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIFvalidation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11.

[3](a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/2, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.

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